Sylvain Prigent
@sylvainprigent.bsky.social
Bioinformatics, metabolomics and Plant science
Ready to get started in #metabolomics? Join the Hands-On Metabolomics: From Bench to Data #training organized by MetaboHUB ✔️ Theory + hands-on practical sessions ✔️ Workshops, case studies & discussions ✔️ Taught by MetaboHUB experts ✔️ Training certificate More info: nextcloud.inrae.fr/s/ZrtPyaLDM9...
Lipid droplets: new actors of the plant potyvirus infection Jambou et al. @lbm-bordeaux.bsky.social @jluc-gallois.bsky.social and @inrae-bfp.bsky.social nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
Very happy to host the Big Data Hackathon sponsored by MetaboHUB
We were delighted to host the KOMOD workshop as part of the DIGIT-BIO metaprogramme! Three days of great discussions on metabolic networks, from their reconstruction to their analysis. Thanks to everyone who joined and contributed!
France joins Fascination of Plants Day 2026 led by the European Plant Science Organisation 🌱 New National Coordinators, Quynh-Trang Bui & Anthony Bernard (INRAE BFP – Université de Bordeaux), will lead activities across France. Join #PlantDay2026 and submit your event: plantday18may.org
Home - Fascination of Plants Day 18 May 2026
Take a look at the previous Fascination of Plants Day editions.
plantday18may.org
📣We are opening a permanent Research Scientist (CRCN) position in metabolomics and agroecology in Bordeaux. If you have a PhD and want to work at the interface of metabolism, biodiversity and agroecosystems, you can find all the details here: jobs.inrae.fr/en/open-comp... #metabolomics #academicJobs
Junior research scientist on metabolomics and agroecology
CR26-BAP-1 - The Fruit Biology and Pathology joint research unit offers a multidisciplinary environment (understanding of the underlying mechanisms of plant development or their interactions with pathogens or with the environment through to the application of this knowledge in translational research). The unit has a range of experimental facilities dedicated to growing and phenotyping plants. MeTA is a highly multidisciplinary team using approaches combining experimentation and modelling to study plant metabolism. Moreover, the team hosts the Bordeaux Metabolome platform that provides the tools necessary to explore metabolomic diversity. You will also benefit from its affiliation to the INBS MetaboHUB (metabolomics) and PHENOME (phenomic and phenotyping) networks.The metabolome gathers information about metabolic functioning that is at the heart of all living processes. Consequently, metabolomic analyses of biodiversity combined with artificial intelligence show the highly predictive nature of the metabolome, particularly during adaptation to extreme habitats. Metabolomics has been used to predict yield and understand the basics, and study plant/pest interactions and multi-stress responses. Your role will be to study agroecosystems using approaches combining metabolomics and modelling to update the mechanisms governing the relationships between organisms (plants, insects, microbiota, etc.) and/or determine ecosystem services. The ultimate purpose will be to develop predictive models dedicated to the ecological transition of agriculture.The project extends the understanding of links between metabolism programming and trade-offs with plant performance to agroecology, from plant to ecosystem scale.Your short-term objective will be to formulate a strategy drawing on the bibliography and to establish a network of national and international collaborations to identify high-performance agroecosystems adapted to different contexts or, on the contrary, to imbalanced agroecosystems. This is an essential step to fine-tune the project objectives. It concerns more particularly the identification of ecosystem services that will be targeted by modelling. Your medium-term objectives will be to conduct experiments on agroecosystems comprising various compartments (plants, microorganisms, soil, air, etc.) to obtain climatic and physiological data, assess ecosystem services, and collect samples from each compartment. Reproducible and interoperable data from organism metabolomes and phenomes could be obtained thanks to numerous possibilities provided by the Bordeaux Metabolome Platform, particularly high-throughput combined with high-resolution mass spectrometry. Statistical analyses and predictive models could be developed to establish links between metabolism and ecosystem services.Your long-term objectives will be to understand the metabolic and physiological mechanisms involved in agroecological system dynamics. Functional genomics approaches could be used to validate the strong hypotheses generated by modelling thanks to collaborations with other researchers from the team and the unit. The purpose of the project will be to propose new strategies for agriculture, such as decision-making tools based on predictive metabolomics.
jobs.inrae.fr
@sylvainprigent.bsky.social presented metabolomics data generated at @bdxmetabolome.bsky.social, combined with field trial data and ML approaches, at the final event of the Untwist project. A real pleasure for us to be part of this project since 2020!
Un poste de MCF des Universités en "Génétique quantitative appliquée aux espèces végétales" est ouvert au concours 2026 pour l'Université de Bordeaux. Projet de recherche axé sur "Déterminants génétiques de la résilience des céréales aux stress multiples". Laboratoire BFP - Département SE (UB)
📢 New bioRxiv preprint led by Coralie Muller, PhD student in the #META team, co-supervised by @cfrioux.bsky.social and @sylvainprigent.bsky.social MetaNetMap automates the mapping of metabolomic annotation onto metabolic networks. Give it a try! doi.org/10.64898/202...
MetaNetMap: automatic mapping of metabolomic data onto metabolic networks
Motivation Metabolic networks represent genome-derived information about the biochemical reactions that cells are capable of performing. Mapping omic data onto these networks is important to refine mo...
doi.org
Ce fut un tel plaisir de participer à l'organisation de ces JOBIM ! Encore merci à toute l'équipe d'organisation !
JOBIM 2025@jobim2025.bsky.social · last yr.👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini ! Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes. Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence. 1/2 ⤵️
This morning, Cathleen presented results at the GPR-BPS general assembly, based on data acquired on our metabolomics platform. Great to see our work contributing to broader research efforts! #Metabolomics
🌱 Le comité d'organisation de #JOBIM2025 remercie chaleureusement le GPR BPS pour son soutien au congrès qui se tiendra les 8-11 juillet à Bordeaux. Vous ne connaissez pas le GPR BPS ? 🤔 1/2 ⤵️
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lnkd.in
‼️ Rappel ‼️ 📍 La SFBI propose 15 bourses de voyage pour @jobim2025.bsky.social ! ℹ️ Plus d'informations : www.sfbi.fr/blog/article... 📎 Dossier accessible en ligne : www.sfbi.fr/static/doc/S... ⏳ Soumission des dossiers du 15 mai au 5 juin 2025 ✉️ Pour toutes questions : contact@sfbi.fr 🙂
Société Française de BioInformatique@sfbi.fr · last yr.📍 La #SFBI propose deux types de #bourses pour les @jobim2025.bsky.social (jobim2025.labri.fr) qui auront lieu du 8 au 11 juillet 2025 à Bordeaux. ✉️ Pour toutes demandes d'informations, n'hésitez pas à prendre contact avec nous via contact@sfbi.fr ‼️
Quelques 📸 des Journées Jeunes Chercheur·e·s du département BAP, à Bordeaux 14-16 mai Organisées par un comité local, elles ont permis de mettre en valeur les travaux scientifiques des doctorant·e·s et postdoc via des présentations orales, posters, échanges scientifiques et moments de convivialité 👏
Coup de projecteur sur des projets en rupture et à haut risque du programme EXPLOR’AE ✔️39 idées exploration et 5 projets transformation déjà financés #France2030 Des hypothèses originales pour des innovations de rupture, des recherches qui sortent des sentiers battus ! url.inrae.fr/44ySyng
EXPLOR’AE : INRAE dévoile des projets de recherche en rupture et à haut risque
DOSSIER DE PRESSE - Le programme France 2030 « Accélération de la recherche à risque en Agriculture, Alimentation et Environnement » EXPLOR’AE offre un cadre inédit pour soutenir des projets de recher...
url.inrae.fr
Interesting critique in Nature Metabolism on misusing gene-centric tools for #metabolomics data 🧪. Turns out metabolites ≠ genes🧬—and forcing them into gene-style pathway analysis can really skew results! Worth a read if you're into #systems-biology or #bioinformatics. 🔗 doi.org/10.1038/s422...
Metabolites are not genes — avoiding the misuse of pathway analysis in metabolomics - Nature Metabolism
Pathway analysis, originally developed for gene expression data, has been adapted for metabolomics. However, owing to the unique characteristics and constraints of metabolites compared with genes, pat...
doi.org
We're hiring! We're looking for a postdoc in systems biology with a focus on metabolic modeling Great science, great people and a great place to work (yes, I’m biased) The position will be co-supervised by the brilliant @cfrioux.bsky.social Details&application: recrutement.inria.fr/public/class...
Post-Doctoral Research Visit F/M Postdoctoral position – Systems biology and metabolic modelling of uncultured bacteria
Offre d'emploi Inria
recrutement.inria.fr
Clémence Frioux@cfrioux.bsky.social · last yr.Postdoc 1️⃣ is part of an exciting @inrae-france.bsky.social EXPLOR'AE-funded project combining systems biology and modelling (postdoc) + genetic engineering and culturomics (partners). Coordinated by @inrae-bfp.bsky.social. The postdoc is co-supervised by the great @sylvainprigent.bsky.social ⬇️
Dans moins d'une semaine, l'appel à soumissions pour #JOBIM2025 sera fini ‼️ 🕛 Pour rappel, vous avez jusqu'au lundi 31 mars, à 23h59 (CET), pour nous partager vos travaux. Alors bon courage à tou.te.s pour cette dernière ligne droite !
JOBIM 2025@jobim2025.bsky.social · 2y ago❗❗BREAKING NEWS❗❗ Les soumissions pour #JOBIM2025 sont ouvertes ! 😱 💡Articles longs, posters, démos, etc ; de nombreux formats sont attendus. Les consignes détailles seront accessibles sur le site de #JOBIM2025 ➡️ jobim2025.labri.fr ⏳ Les soumissions fermeront le 31 mars, alors faîtes vite !
Aujourd'hui Coralie de #meta présentait son sujet de doctorat dans MT180 Trois minutes de présentation pour nous apprendre comment Batman et elle-même peuvent utiliser les réseaux métaboliques pour sauver le monde !
N'oubliez pas, la finale de #mt180 à Bordeaux c'est aujourd'hui ! Venez notamment entendre parler de réseaux métaboliques et de métabolomique !
Université de Bordeaux@univbordeaux.bsky.social · last yr.#Agenda 📅 La finale du concours @univbordeaux.bsky.social @mt180fr.bsky.social , c'est demain à partir de 13h30 : 18 candidats, qui auront 3 minutes pour se qualifier pour la finale régionale qui aura lieu le 10/04 à @univ-larochelle.fr ! Retransmission en direct sur YouTube www.u-bordeaux.fr/ev...
✨ PLUS QUE DEUX MOIS avant #pint25 ✨ 📍 +55 villes, du Parc naturel du Limousin à la Réunion et la Guyane 🔬 Des centaines de scientifiques passionné·e·s 🫂 500 organisateurs·trices à fond ! 📱 Programme : 31 mars 🎟 Tickets : 14 avril 👉 pintofscience.fr
Juste un petit rappel au cas où ... mais la deadline des #soumissions pour #JOBIM2025 c'est dans quelques jours ... ⏲️ Ce serait dommage de la louper 😃 On a hâte de voir les travaux de la communauté 🤓
Société Française de BioInformatique@sfbi.fr · 2y ago🥁 Les #soumissions pour #JOBIM2025 sont officiellement ouvertes !! Vous avez jusqu'au 31 mars pour soumettre vos travaux. On a hâte !! 🤓
Exclusive: NSF this week began to search through billions of dollars of grants the agency has already awarded for anything touching on topics that President Donald Trump has criticized. And NSF has blocked grantees and trainees from accessing funds while the review is underway. scim.ag/3El0NZh
EXCLUSIVE: NSF starts vetting all grants to comply with Trump’s orders
Grantee accounts remain frozen, while union accuses NSF of ignoring rules governing peer review
scim.ag
➡️ M Björn GRÜNING sera #keynote speaker à #JOBIM2025 Il nous vient d'Allemagne, du département d'Informatique de l'Université de Freiburg. 💡 Si les workflows, la reproductiblité et la science ouverte vous intéressent, venez l'écouter et le rencontrer en Juillet à Bordeaux, pour #JOBIM2025 !
JOBIM 2025@jobim2025.bsky.social · 2y agoBREAKING NEWS ‼️ Les 6️⃣ #keynote speakers pour #JOBIM2025 ont été sélectionnés ! A eux 6️⃣, nos orateurs et nos oratrices représentent un large panel des domaines de la bioinformatique, dans plusieurs villes de France ainsi que dans des pays voisins. 🤯 Parmi ces domaines, on compte : ⤵️
➡️ Mme Emma Schymanski sera #keynote speaker à #JOBIM2025 Emma nous vient du Centre pour la Biomédecine Systémique de l'Université du Luxembourg. 📊 Si les statistiques, le traitement ou l'intégration de données métabolomiques vous intéressent, rendez-vous en Juillet à Bordeaux, pour #JOBIM2025 !
➡️ M Eric Rivals sera #keynote speaker à #JOBIM2025 ! Eric mène sa recherche au Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier. 🧬 Si le développement de méthodes et d'algorithmes pour les séquences vous intéresse, rendez-vous en Juillet à Bordeaux pour #JOBIM2025 !
➡️ M Jean Monlong sera #keynote speaker à #JOBIM2025 ! Il travaille à l'Institut de Recherche en Santé Digestive de Toulouse. 💊 Si la génomique fonctionnelle et intégrative vous intéresse, ne manquez pas de l'écouter et de le rencontrer en Juillet à Bordeaux pour #JOBIM2025 !
➡️ Mme Anamaria NECSULEA sera #keynote speaker à #JOBIM2025 ! Anamaria travaille au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive de Lyon. 🐒 Si la génomique évolutive et la phylogénie vous intéressent, ne manquez pas de l'écouter et de la rencontrer en Juillet à Bordeaux, pour #JOBIM2025 !
Meet Maggot: a web-based tool for managing and sharing research metadata! It simplifies dataset organization, FAIR compliance, and collaborative metadata creation, enabling efficient sharing and documentation. #FAIRdata #OpenScience doi.org/10.1093/giga...
An ecosystem for producing and sharing metadata within the web of FAIR Data
AbstractBackground. Descriptive metadata are vital for reporting, discovering, leveraging, and mobilizing research datasets. However, resolving metadata is
doi.org
