Anne‑Françoise Adam-Blondon a présenté aujourd’hui RDMkit lors du mini‑symposium “Orchestrating data flows throughout their lifecycle” #JOBIM2026. Une belle mise en lumière des outils et bonnes pratiques pour gérer les flux de données. @urgi-inrae.bsky.social @bioinfomics.bsky.social #ELIXIREurope

Aujourd'hui à la session posters de #JOBIM2026, venez échanger avec Étienne Bardet autour de son poster #40 : "RO-Crate as a metadata source for the FAIDARE global federation"

Venez rencontrer Mohamad Yassine à son poster #88 aujourd'hui et demain à #JOBIM2026 sur PASTEC, un outil incroyable pour classifier les éléments transposables 👍

Excellent news! Open data is fundamental to moving the entire community forward!

Dfam Database of Transposable Elements@dfam.bsky.social · 2mo ago

A New Open Foundation for TE Research: GIRI is transitioning the full Repbase collection to an open-access license and joining the Dfam effort to help build a unified open resource for transposable element research. Full announcement: tinyurl.com/48665xss

Here we go for #SMBE2026 Are there any TE folks here? #transposon #TEsky

Let s dive into the world of holocentric chromosomes with @amarques.bsky.social Wonderful talk ! #smbe2026

Au jdev 2026 à Montpellier 🌞 belle opportunité d'apprendre et de faire de la veille de techno 💻🤓

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux sco.lt/6JjBei via Scoopit/Life Sciences Université Paris-Saclay @univparissaclay.bsky.social

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux | Life Sciences Université Paris-Saclay

Dans une étude publiée dans le journal Genome Biology, les scientifiques de l’Unité de Ressources Génomiques info – URGI (INRAE/UPSaclay, Versailles) se sont intéressés au rôle des éléments transposables (ETs) dans l’adaptation des organismes à leur environnement. Les ETs, qui peuvent s’insérer i...

sco.lt

Le fruit d'une belle collaboration entre équipes d' @univparissaclay.bsky.social et au delà (@inrae-cnrgv.bsky.social, @ieesparis.bsky.social, @ugent-botany.bsky.social, @genscaleteam.bsky.social, @anses-fr.bsky.social, #DIADE #IGEPP) : sco.lt/9N25Ng via Scoopit/Life Sciences Université Paris-Saclay

Un nouvel outil disponible à l'URGI qui vient compléter la suite logicielle #REPET pour les analyses de la dynamique des éléments transposables dans les génomes.

@sdvupsaclay.bsky.social · 6mo ago

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux

🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇

A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology

Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...

doi.org

Merci aux organisateurs du STBDE de @upecofficiel.bsky.social de nous avoir convié à cet événement festif et convivial !

URGI@urgi-inrae.bsky.social · 6mo ago

@johannconfais.bsky.social de @urgi-inrae.bsky.social et @hquesneville.bsky.social de @inrae-dipso.bsky.social ont représenté le stand @inrae-france.bsky.social lors de la nuit des chercheurs.euses @upecofficiel.bsky.social sciences-tech.u-pec.fr/la-faculte/a...

Such a collaborative adventure! Thanks a lot to all co-authors! @cnrsbiologie.bsky.social @urgi-inrae.bsky.social @inrae-toulouse.bsky.social @univparissaclay.bsky.social @nyuad-oaa.bsky.social 👏👏👏

Molecular Biology and Evolution@molbioevol.bsky.social · 8mo ago

Olvera-Vazquez, @cornilleamand.bsky.social et al. analyzed olfactory and gustatory receptor genes in 12 aphid genomes with varying host plant ranges. Aphid lineages with broader host ranges exhibited higher evolutionary rates. 🔗 doi.org/10.1093/molbev/msaf238 #evobio #molbio

Everything you always wanted to know about TE classification ! @nico971.bsky.social and @johannconfais.bsky.social present RepetDB a TE database to support your science at GDR #MobilET meeting.

Nous proposons un protocole de soumission de données aux archives EMBL-EBI. Vous pouvez visionner un webinaire à ce sujet ici www.youtube.com/watch?v=zezQ...

Webinaire 2025 Soumission aux archives EMBL-EBI

YouTube video by UR Genomics-Info

youtube.com

We have made two WheatIS videos available based on feedback from experiences with LLMs. You can access here www.youtube.com/watch?v=kEHc... and here www.youtube.com/watch?v=4imk...

WheatIS sharing experiences on LLM part1

YouTube video by UR Genomics-Info

youtube.com

We have made public the data from WP2 of the BreedWheat project. You can find this resources here wheat-urgi.versailles.inrae.fr/Projects/Bre... with the label WP2. You can find phenotyping data, genotyping data and association data.

Venez me voir au poster 2, pour découvrir l'URGI, une plateforme bio-informatique @urgi-inrae.bsky.social @jobim2025.bsky.social #JOBIM2025 #URGI #INRAE

Venez découvrir #REPET, un outil de détection, de classification et d'annotation d'éléments transposables en live avec Etienne Bardet en amphi E @jobim2025.bsky.social @urgi-inrae.bsky.social #JOBIM2025 #URGI #INRAE

Vous êtes à #JOBIM2025 et vous avez manquez le poster de @marienewan.bsky.social sur la nouvelle version de #REPET ? Rassurez vous une demo est organisé aujourd'hui à midi en amphi E. Vous découvrirez toutes les évolutions mises en place pour vous faciliter l'annotation des #transposons

ELIXIR has released a position paper on open biodata, more information here elixir-europe.org/news/positio... or here www.linkedin.com/posts/elixir...

Check this interview wheatgenome.org/people/leade... on IWGSC website from our Deputy Director at URGI @michaelalaux.bsky.social. His thoughts on Wheat Genomics and bioinformatics on the last few years and for the future.

Michael Alaux

Michael Alaux is the Deputy Director of URGI (Unit Resources Genomics-Info) at the French National Research Institute for Agriculture, Food, and Environment (IN...

wheatgenome.org

The great @johannconfais.bsky.social on a reference-free approach (panREPET) to annotate #Transposons in #pangenomes 🧬

Great presentation from @johannconfais.bsky.social at #PAG2025 #PAG32 on the first result obtained with panREPET tool a non reference centric approach

REPET got a complete overhaul in version 4.0 ! Etienne Bardet from @urgi-inrae.bsky.social presents the updates in #PAG32 forgemia.inra.fr/urgi-anagen/...

Great tall from @clementgoubert.bsky.social to present GraffiTE: a pipline that finds polymorphic TE in genomes #PAG32 github.com/cgroza/Graff...

Vanita Haurheeram will be present at #PAG2025 to introduce URGI service to FAIR research data management. Template, guidelines, repositories, data portals tool, come see her at POSTER80

Maud Marty will be present at #PAG2025 to introduce forest tree data in FAIDARE, a plant data discovery portal. You want to discover the forest tree data generated by the french community, let her guide you through the ecosystem

@johannconfais.bsky.social and @clementgoubert.bsky.social are presenting @tehub.bsky.social at #PAG2025, an amazing resource and driven community for anyone interested in transposable element

#PAG32 I'd bet that every genome studied at PAG has a least 1 #Transposon, if not thousands! Find us on Sunday for an exciting session on #mobileDNA!