Simply magnificent ! #GoBrachy

Michael Raissig@michaelraissig.bsky.social · 3w ago

Our single-cell atlas paper made the cover 🎉 image by @lbmountain.bsky.social, showing the mature Brachy epidermis in all its beauty. #GoBrachy: yellow is lignin, and blue is cell wall autofluorescence.

This morning at 10:20! Join our symposium “Epigenomics, structural variants and genomic offset: predicting climate adaptation in crops and wild relatives” at #SMBE2026. Co-organized by @cornilleamand.bsky.social and me, with invited speakers Frank Johannes and Chloee McLaughlin.

Venez découvrir la nouvelle version de #PASTEC le classifieur de #transposon du package #REPET

Mariène Wan@marienewan.bsky.social · last mo.

Venez rencontrer Mohamad Yassine à son poster #88 aujourd'hui et demain à #JOBIM2026 sur PASTEC, un outil incroyable pour classifier les éléments transposables 👍

Let s dive into the world of holocentric chromosomes with @amarques.bsky.social Wonderful talk ! #smbe2026

Here we go for #SMBE2026 Are there any TE folks here? #transposon #TEsky

Excellent news! Open data is fundamental to moving the entire community forward!

Dfam Database of Transposable Elements@dfam.bsky.social · last mo.

A New Open Foundation for TE Research: GIRI is transitioning the full Repbase collection to an open-access license and joining the Dfam effort to help build a unified open resource for transposable element research. Full announcement: tinyurl.com/48665xss

New online! How classical genetics uncovered key determinants of TE silencing

Our latest publication is now out at Genome Biology! link.springer.com/article/10.1... We uncover a unique association between a H3K27me3 reader complex and active transcription. A thread with our key findings: (1/8) #TEsky #Polycomb #transcription #smallRNAs

A H3K27me3 reader complex couples H3K27me3 accumulation to nascent transcription of transposable elements in Paramecium - Genome Biology

Background The ability to deposit histone H3K27-trimethyl (me3) marks is essential for transcriptional repression by Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2). This is largely attributed to Polycomb repres...

link.springer.com

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux sco.lt/6JjBei via Scoopit/Life Sciences Université Paris-Saclay @univparissaclay.bsky.social

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux | Life Sciences Université Paris-Saclay

Dans une étude publiée dans le journal Genome Biology, les scientifiques de l’Unité de Ressources Génomiques info – URGI (INRAE/UPSaclay, Versailles) se sont intéressés au rôle des éléments transposables (ETs) dans l’adaptation des organismes à leur environnement. Les ETs, qui peuvent s’insérer i...

sco.lt

Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? 👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78) 📅 30-31 mars 2026. 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous avez besoin de vous former à #Linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas 📅 1er avril 2026 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

[LAST CALL] 📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l' @ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !

🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇

A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology

Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...

doi.org

Merci aux organisateurs du STBDE de @upecofficiel.bsky.social de nous avoir convié à cet événement festif et convivial !

URGI@urgi-inrae.bsky.social · 6mo ago

@johannconfais.bsky.social de @urgi-inrae.bsky.social et @hquesneville.bsky.social de @inrae-dipso.bsky.social ont représenté le stand @inrae-france.bsky.social lors de la nuit des chercheurs.euses @upecofficiel.bsky.social sciences-tech.u-pec.fr/la-faculte/a...

Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome! Invited speakers: -Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology) -Frank Johannes (Technical University of Munich) @nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social

Cornille “Eclectic” Lab@cornilleamand.bsky.social · 8mo ago

Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome! Invited speakers: -Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology) -Frank Johannes (Technical University of Munich) @nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social

🚨 New offer in our lab: 🐝🧬22-month postdoc or engineer position to estimate the effectiveness of the genetic queen fertilisation control in honey bees through large-scale sequencing and genomic analysis Location: Toulouse, France 😍 More information: thibaultleroyfr.github.io/pdf/Annonce_... Reposts🙏

Root tip excision-induced exodermis lignification impacts lateral root emergence in Brachypodium distachyon Bellande et al. @joopvermeer.bsky.social @tbadet.bsky.social @anneroulin.bsky.social @rootcap.bsky.social nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

Have we been overstating the role of transposable elements in adaptation to local or rapidly changing environmental conditions? Happy to share my (somewhat unpopular?) opinion paper on this matter: www.sciencedirect.com/science/arti... Thanks to those who already shared the link!

Blinded by the lights? Re-examining the adaptive role of transposable elements in plants with population genomics

Transposable elements (TEs) are ubiquitous components of the genome whose mobility can be triggered by environmental stress and influenced by genotype…

sciencedirect.com

A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposon

Y aura-t-il de la neige à Noël ? ❄️ Au fond des océans, oui ! La « neige marine » est un phénomène méconnu qui permet à l’océan d’emprisonner dans ses profondeurs le carbone issu du CO2 atmosphérique et de participer ainsi à la régulation du climat. www.cnrs.fr/fr/actualite/po...

🎙️ Nouvel épisode de Têtes Chercheuses qui nous plonge en immersion dans les recherches prometteuses en #épigénétique de Deborah Bourc'his, directrice de recherche Inserm et cheffe d’équipe à l’Institut Curie. ▶️ curie.fr/actualite/po...

Fil RH #CNRS de la semaine #VeilleESR Dans la continuité du sujet précédent et comme nous sommes dans une période de prise de fonction, voici un fil sur les concours externes CNRS des ingénieurs et techniciens. Comment les concours externes IT évoluent au CNRS ? 1/12

Fil RH #CNRS de la semaine #VeilleESR Ayé, les concours chercheurs CNRS sont ouverts ! C’est le moment idéal pour prendre la vague, toute honte bue, et publier quelques données pluriannuelles sur ces recrutements 1/9 carrieres.cnrs.fr/concours-ext...

Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome! Invited speakers: -Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology) -Frank Johannes (Technical University of Munich) @nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social

Cornille “Eclectic” Lab@cornilleamand.bsky.social · 8mo ago

Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome! Invited speakers: -Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology) -Frank Johannes (Technical University of Munich) @nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social

Such a #PLEASURE to be involved in this collaboration ! All the #transposon annotated during the project can be visualized in #RepetDB the TE database. #TEsky

Cornille “Eclectic” Lab@cornilleamand.bsky.social · 8mo ago

Such a collaborative adventure! Thanks a lot to all co-authors! @cnrsbiologie.bsky.social @urgi-inrae.bsky.social @inrae-toulouse.bsky.social @univparissaclay.bsky.social @nyuad-oaa.bsky.social 👏👏👏

WOW! Very promising new tool to facilitate collaborative manual curation of TEs link.springer.com/article/10.1...

ColabCuraTE: an easy-to-use, web-based pipeline for the manual curation of transposable elements - Mobile DNA

Background Transposable elements (TEs) are widespread mobile DNA sequences that shape genome structure, function, and evolution. Although automated tools exist for the de novo identification and class...

link.springer.com

A. thaliana has been pivotal in advancing our understanding of the bases of adaptation to past and ongoing environmental changes! A very nice review by @ahancock.bsky.social, Swan Portlier, Andrea Fulgione, @mgstetter.bsky.social and @meauxjuliette.bsky.social www.annualreviews.org/docserver/fu...

As usual, I had a wonderful time at #MobilET ! It was such a pleasure to see everyone again!

URGI@urgi-inrae.bsky.social · 8mo ago

Everything you always wanted to know about TE classification ! @nico971.bsky.social and @johannconfais.bsky.social present RepetDB a TE database to support your science at GDR #MobilET meeting.

Internship position open at INRAE-URGI for 2026, more details available here www.sfbi.fr/emplois/offr...

🚨 📢 PhD offer in a nice place with nice people.

Rita Rebollo@ritarebollo.bsky.social · 11mo ago

Hi! We are looking for a PhD to work on the cross talk between transposable elements, insects and intracellular bacteria on the bioinformatics side. The PhD would be supervised by @mariefablet.bsky.social and myself along with @nicolasparisot.bsky.social Deadline December 2025! Please share! #tesky