「滋賀県産あゆの稚魚」（多分琵琶湖のこあゆ）のフリットを食べる機会があったのだが、あまりにもでかかった。今年のこあゆは大きくなっていて困るとは聞いていたけど、確かになあという感じ。
大貫渓介 Keisuke Onuki
@fwfonk.bsky.social
国立遺伝学研究所 学振PD。淡水魚の進化生態学に興味があって研究しています。 Web: https://sites.google.com/view/fwfonk
進化学会たのしい。なぜもっと早く参加しなかったのか…。でも、PDになって環境が変わって少し毛色の違う研究も色々見聞きした後だからこそ、楽しめているのかもしれない。
The first manuscript from my postdoc is out (doi.org/10.64898/202...)! We introduce 𝐭𝐢𝐦𝐞-𝐬𝐭𝐫𝐚𝐭𝐢𝐟𝐢𝐞𝐝 𝐬𝐭𝐚𝐭𝐢𝐬𝐭𝐢𝐜𝐬 for studying population structure change over time, with the temporal resolution of Ancestral Recombination Graphs (ARGs). Joint with @jkpritch.bsky.social and @jeffspence.github.io. 1/n
Coalescent-Based Time-Stratified Statistics Reveal Population Structure Dynamics using the Ancestral Recombination Graph
Many questions in population genetics are concerned with reconstructing evolutionary history through time, such as inferring how population structure has changed throughout the past. Yet, many existing approaches have only an implicit temporal component, using quantities such as allele frequency or haplotype length as rough proxies for age. Recent advances in the inference of Ancestral Recombination Graphs (ARGs) have made it possible to estimate the entire sequence of local genealogies along the genome. These genealogies explicitly encode how samples are related to each other at different time points in the past, enabling the inference of how population structure has changed over time. To this end, recent work has used ARGs to define time-stratified versions of widely-used population genetics summary statistics in an attempt to capture the population structure present within a particular time window. Here, we show that naive approaches result in statistics that cannot be interpreted solely in terms of the population structure present within the time window they are targeting. To address this problem, we introduce a framework of coalescent-based time-stratified statistics, which use coalescence probabilities to partition classical summary statistics into interval-specific contributions. Using coalescent simulations, we demonstrate that these statistics accurately isolate population structure at different temporal depths and avoid spurious signals. Our results highlight the necessity of integrating coalescent theory into ARG-based temporal analyses and provide a principled and practical foundation for studying the dynamics of population structure through time. ### Competing Interest Statement The authors have declared no competing interest. National Human Genome Research Institute, https://ror.org/00baak391, R01HG014005
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【注目プレスリリース】マイマイカブリの形態進化は「島の間」と「島の中」の両方で進んだ ～ 日本列島70地点の系統・形態解析から、適応放散の初期過程に新たな視点 ～ / 東邦大学 https://research-er.jp/articles/view/159078
マイマイカブリの形態進化は「島の間」と「島の中」の両方で進んだ ～ 日本列島70地点の系統・形態解析から、適応放散の初期過程に新たな視点 ～
2026.08.17 東邦大学 プレスリリース 東邦大学の小沼順二准教授、国立科学博物館の長太伸章特定研究員、京都大学の曽田貞滋名誉教授の研究グループは、日本列...
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共著論文が出ました。屋久島固有の未記載種と考えられていたハベマメシジミについて遺伝学・形態学的解析を行い、ハベマメシジミはハイイロマメシジミの地域個体群であろうと考察しました プレスリリース: www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/112...
Press Releases - 東京大学 大学院理学系研究科・理学部
東京大学 大学院理学系研究科・理学部のプレスリリース情報です。
s.u-tokyo.ac.jp
これでADAMIXTUREの--cvとADMIXTUREの--cvの挙動が同じになりました！ 本当に爆速なので，ADMIXTURE使いは一度は使ってみるべし，です。 github.com/AI-sandbox/A...
Difference in --cv behavior between ADMIXTURE and ADAMIXTURE (CV error keeps decreasing with higher K in ADAMIXTURE) · Issue #5 · AI-sandbox/ADAMIXTURE
Hi ADAMIXTURE team, Thank you for developing this remarkably fast software! I am running a benchmark comparing ADMIXTURE and ADAMIXTURE on the same PLINK dataset across $K = 2$ to $15$. Both tools ...
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大貫渓介 Keisuke Onuki@fwfonk.bsky.social · last wk.ソフトウェア開発者から返事があって、丁寧かつ迅速に対応してくれました！（不具合の指摘だったのでドキドキしていたけど、ぼくの勘違いではなさそうでほっとしました）また何か困ったらissueたててみよう…
ソフトウェア開発者から返事があって、丁寧かつ迅速に対応してくれました！（不具合の指摘だったのでドキドキしていたけど、ぼくの勘違いではなさそうでほっとしました）また何か困ったらissueたててみよう…
大貫渓介 Keisuke Onuki@fwfonk.bsky.social · 4w ago初めてissueたててみた…。
ぼくにとって蚊帳は夏に祖母の家で使うものだったけれど、最近はトトロでしか見たことないとか、そもそも蚊帳を知らないという人もいるらしい。こうやってものは忘れられていくのかあ。
v1.130 をリリースしました。 フォロー中のアカウントごとにフィードでリポストを非表示する機能を有効化できるようになりました。 相手のプロフィールから「フィードでリポストを非表示」を選択してください。
The Integration of Speciation Seminar will be back on September 1st at 5pm CEST, with these two exciting speakers. The link will be posted soon on the IoS website. Please spread the word!
先輩が京都で買ってきてくれたコーヒーを淹れていただいた。里ノ前のおっちゃんがやってるコーヒー屋さんで買ってきて、ラボのお茶部屋でみんなで飲んでいたやつ。飲むと場所を思い出すから不思議です。
【台風15号情報】 8月7日(金)9時現在、大型の台風15号(チャンホン)はウェーク島近海を北北西に進んでいます。 来週にかけて日本に近づく進路予想となっているものの、現時点では不確実性が高い状況です。 weathernews.jp/news/202608/...
大型の台風15号(チャンホン) お盆休みの天気に影響するおそれ - ウェザーニュース
【台風情報】8月7日(金)9時現在、大型の台風15号(チャンホン)はウェーク島近海を北北西に進んでいます。来週にかけて日本に近づく進路予想となっているものの、現時点では不確実性が高い状況です。
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確かにあれはあまり嬉しくないですね。気になるときはWordのデフォルト設定をいじって好みの行間にし，スタイルを登録して使ったりしていますが，面倒ではあります…。
どこにでもインストールされているという強みがある游フォントを行間アホみたいに広げて使い物にならなくしたMSは万死に値する。BIZ UDフォント使えばいいんですけど、人々の脳内への普及率が不足している。
プロポーショナルでないので、字数が分かりやすいというのもあるかも。 あと、個人的に大きいと思うのは、慣れ。MS明朝を見続けてきた人には、見やすく思えるような気がする。 あと、游明朝は画面だと灰色がかってコントラストが低くて個人的には読みづらい。
>RT なるほど。自分の中では互換性の高さは「仕方なく」使う理由に該当していましたが，同じ理由で「好んで」になる環境もあり得なくはないですね（ファイルを渡す相手の多くが游明朝/ゴシックを利用できないとか）。
ファイルで渡すときの互換性の高さではないでしょうか。絶対入ってますから。あと、美しくはないだけで可読性がそこまで低いわけではない。ダサいのと読みづらいのは別問題。
書類等でMS明朝/ゴシックを好んで（仕方なく，ではなく）使う人たちがいるらしいと知って驚愕している。あんなに可読性が低いフォントをどうして…？
現在使用しているIntel CPUのiMac，新しいmacOSのサポートから外れるので，数年後までにどうするか検討しないといけない。Mac miniなどに買い替えてもいいのだけど，マシン自体は健康そうなのでもったいない感じはある。Ubuntu化とかできないのかな？